ส่วนปกครองผู้ต้องขัง
    ดำเนินการเกี่ยวกับการวางแผนและดำเนินการด้านควบคุมผู้ต้องขังให้อยู่ในระเบียบวินัยและมิให้หลบหนี การรักษาการณ์ บริเวณทัณฑสถานฯ การป้องกันการลักลอบนำสิ่งของต้องห้ามเข้า-ออก ทัณฑสถาน โดยแบ่งออกเป็นฝ่ายต่าง ๆ ดังนี้
ฝ่ายปกครองกลาง
ฝ่ายปกครองแดน 1-10 และแดนพยาบาล
ฝ่ายรักษาการณ์

ส่วนพัฒนาผู้ต้องขัง
    ดำเนินการเกี่ยวกับการฝึกวิชาชีพผู้ต้องขัง การใช้แรงงานบริหารเงินทุนฝึกวิชาชีพ พัสดุ ฝึกวิชาชีพการวางแผนจัดการศึกษาแก่ผู้ต้องขังทั้งสายสามัญตั้งแต่ระดับผู้ไม่รู้หนังสือ จนถึง ระดับอุดมศึกษา สายอาชีพ และ ธรรมศึกษา การอบรมพัฒนาทางด้านจิตใจ การบำบัด ฟื้นฟู สมมรรถภาพ ผู้ต้องขังในรูปแบบ ชุมชนบำบัด และ รูปแบบ ผสมผสาน แบ่งออกเป็น 3 ฝ่าย
ฝ่ายการศึกษาและพัฒนาจิตใจ
ฝ่ายฝึกวิชาชีพ
ฝ่ายชุมชนบำบัด

ส่วนสวัสดิการผู้ต้องขัง
    ดำเนินการเกี่ยวกับ การวางแผนดำเนินการจัดสวัสดิการ และให้การสงเคราะห์ผู้ต้องขังจัดเลี้ยง อาหารผู้ต้องขัง เงินฝากผู้ต้องขัง การเยี่ยมญาติ ร้านค้าสงเคราะห์ นันทนาการ การขอความร่วมมือจากองค์การต่าง ๆ ในการช่วยเหลือผู้ต้องขัง แบ่งเป็น 2 ฝ่าย
ฝ่ายสวัสดิการผู้ต้อง
ฝ่ายสงเคราะห์ผู้ต้องขัง
ฝ่ายเงินฝากผู้ต้องขัง

ส่วนบริหารทั่วไป
    ดำเนินการเกี่ยวกับงานสารบัญ การเงิน การบัญชี การพัสดุ อาคารสถานที่ ยานพาหนะ การบริหาร งานบุคคล ลานเลขานุการ งานนิติการ ศูนย์ข้อมูล รวมทั้งงานที่มิได้กำหนด ให้เป็นหน้าที่ของฝ่ายใดฝ่ายหนึ่ง แบ่งออกเป็น 6 ฝ่ายคือ
ฝ่ายการเงินและงบประมาณ
ฝ่ายการเจ้าหน้าที่ฯ
ฝ่ายธุรการ
ฝ่ายพัสดุและอาคารสถานที่
ฝ่ายนิติการ
ศูนย์ข้อมูล

ส่วนทัณฑปฏิบัติ
    ดำเนินการเกี่ยวกับการตรวจสอบหมายศาล จัดทำทะเบียนประวัติผู้ต้องขัง การเลื่อนชั้น การย้าย การลดวันต้องโทษจำคุ การพักการลงโทษ การจำแนกลักษณะผู้ต้องขัง การคุมประพฤติ แบ่งออกเป็น 3 ฝ่ายคือ
ฝ่ายทะเบียนประวัติผู้ต้องขัง
ฝ่ายทัณฑปฏิบัติ
ฝ่ายจำแนกลักษณะผู้ต้องขัง

สถานพยาบาล
    ดำเนินการเกี่ยวกับการรักษาสุขภาพอนามัยผู้ต้องขัง การสุขาภิบาลทัณฑสถานฯ การกำหนด มาตรการ ในการ ป้องกันและ รักษาโรค